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Channel: 東北メディカル・メガバンク機構
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3.5KJPNv2の構築についての論文が発表されました

July 2, 2019, 5:14 pm
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ゲノム解析部門の 田高周 助教らが執筆した論文が、Human Genome Variation にオンライン掲載となりました。

この論文では、日本人3,552人の全ゲノム解析の結果を元に全ゲノムリファレンスパネル“3.5KJPNv2″の構築を報告しました。3.5KJPNv2は常染色体・X染色体・ミトコンドリアDNAにおける一塩基変異及び挿入・欠失のアレル頻度情報を含むデータベースです。これまでに日本人集団のX染色体・ミトコンドリアDNAの変異情報を1000人規模以上で公開した例はなく、初となります。また、本データベースの構築にあたり、データ解析手法を国際標準に準拠した手法に更新することで、海外の大規模ゲノム解析との比較がより容易なパネルとなりました。3.5KJPNv2データは jMorp より使いやすいWebインターフェースを通じてアクセス・検索可能です。3.5KJPNv2は研究者や医療関係者に利活用されることが想定され、我が国の個別化医療・個別化予防に向けた研究が促進されることが期待されます。

書誌情報

タイトル：3.5KJPNv2: an allele frequency panel of 3552 Japanese individuals including the X chromosome
著者名：Shu Tadaka, Fumiki Katsuoka, Masao Ueki, Kaname Kojima, Satoshi Makino, Sakae Saito, Akihito Otsuki, Chinatsu Gocho, Mika Sakurai-Yageta, Inaho Danjoh, Ikuko N. Motoike, Yumi Yamaguchi-Kabata, Matsuyuki Shirota, Seizo Koshiba, Masao Nagasaki, Naoko Minegishi, Atsushi Hozawa, Shinichi Kuriyama, Atsushi Shimizu, Jun Yasuda, Nobuo Fuse, the Tohoku Medical Megabank Project Study Group, Gen Tamiya, Masayuki Yamamoto & Kengo Kinoshita
掲載誌：Human Genome Variation
Published: 18 June 2019
DOI: 10.1038/s41439-019-0059-5

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メディシナルハブ勉強会参加者51名様がToMMoを見学されました

July 9, 2019, 6:53 pm
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2019年7月2日、東北大学メディシナルハブ主催「第一回メディシナルハブ勉強会」の一環で、ご参加の51名の方々がToMMoを見学されました。

勉強会では、山本機構長からToMMoの概要説明が行われ、その後、３グループに分かれて各施設をご見学いただきました。参加の方々は、自治体や研究機関のほか、産業界から製薬企業や金融機関など各分野にわたり、見学時には多方面からご質問やご意見をいただきました。

山本機構長による概要説明の様子

シークエンス解析室で勝岡准教授の説明を受ける１グループ

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The 5th ToMMo-NHRI Conference AsiaPacific Forum on Population Genomicsを開催しました

July 10, 2019, 9:54 pm
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東北メディカル・メガバンク機構（ToMMo）および台湾のNational Health Research Institutes（國家衛生研究院、NHRI）が共同で開催するシンポジウムThe 5th ToMMo-NHRI Conference AsiaPacific Forum on Population Genomicsが、7月9～10日の二日間にわたり仙台で開催されました。また、本シンポジウムはイルミナ株式会社の協力で行われました。
今回で5回目の開催となるシンポジウムは、Cohort Studies、Population Genomics、Functional Genomics、Cancer Genomics and Precision Medicineの４つのセッションに分けて行われ、各セクションで若手中堅の研究者を中心に幅広い分野からの発表や最近の成果の報告が行われました。日本、台湾のみならず、香港や米国、豪州からのゲストも登壇しました。


登壇するPeter Goodhand氏（左）、Philip Tsao教授（右）

今回はがんや難聴、代謝疾患など医療情報やゲノム情報を活用し個別化医療の実現を目指す様々な研究が発表されました。ゲノム情報、医療情報の共有利活用の観点からは、Peter Goodhand氏（The Global Alliance for Genomics and Health(GA4GH)）から国際的にデータを共有するdata sharingから研究者が相互のデータベースを解析するdata visitingを進めていこうという提案や、当機構の荻島創一教授によるスーパーコンピュータによる大規模医療情報・コホート情報の解析基盤の構築への取り組みについて意見交換がなされました。
また、米国の大規模コホート研究プロジェクトであるMillon Veterans Programの責任研究者であるPhilip Tsao教授（Stanford University）から、そのデータの特性やGWAS研究の現況について紹介がありました。


登壇するPak Chung Sham教授（左）、Shih-Feng Tsai教授（右）

個別化医療の観点からは、台湾国家衛生研究院のShih-Feng Tsai教授の次世代シークエンサーを活用した家族性腫瘍や希少疾患への取り組み、Sean Grimmond教授（University of Melbourne）によるがんクリニカルシークエンスへの取り組みなどが紹介されました。また、多因子疾患の遺伝的素因の解明のための理論的問題点を、その分野の世界的権威であるPak Chung Sham教授（The University of Hong Kong）教授から丁寧な解説がありました。当機構からも日本人のゲノム解析に特化した参照ゲノムJG1に関連する報告や尿ナトリウムカリウム比と高血圧の関連の疫学的研究など、先駆的な取組についての発表がありました。


登壇する岡村容伸助教（左）、小暮真奈助教（右）

非常に活発な意見交換・発表の場となり、シンポジウムは盛会に終わりました。今後、日本各地や台湾の研究機関とToMMoとの協力ネットワークがさらに広がり、アジア太平洋地域ののゲノム医療研究が進展することが期待されます。

 

関連リンク

The 5th ToMMo-NHRI Conference開催のお知らせ（7/9-10）

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匿名化管理室 技術補佐員（時間雇用） 募集（7/29締切）

July 11, 2019, 5:46 pm
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募集人員：1名

採用予定日：令和元年8月1日以降

職務内容： 
１.東北メディカル・メガバンク計画コホート検体の匿名化作業
２.上記匿名化作業に付随する書類作成、データ登録、メール管理、電話応対など

応募資格：
１.Excel、Word、PowerPoint、メールなどのソフトウェアを使うことができる方
（実務経験があればなお良い）
２.マニュアルやルールに則り作業できる方
３.医療従事の経験のある方が望ましい
４.協調性をもって丁寧に職務に取り組める方

提出期限：令和元年7月29日（月）
※締切前でも採用者が決まり次第、募集を締め切らせて頂きます。

詳細は公募要項をご覧ください。 履歴書はこちらからダウンロードしてください。

問合せ先

東北大学 東北メディカル・メガバンク機構 
待遇面：総務係　　　　　電話：022-728-3964
業務内容：檀上　稲穂　　電話：022-273-6214

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増子宏文部科学省大臣官房審議官が来訪されました

July 15, 2019, 4:51 pm
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2019年7月8日、文部科学省より増子 宏文部科学省大臣官房審議官（研究振興局担当）らがToMMoを来訪されました。

山本機構長からの事業概要説明、質疑応答が行われた後、オミックス解析室、アレイ解析室、地域支援仙台センター、バイオバンク室、クリニカルバイオバンク室、スーパーコンピュータ室などを見学されました。

増子審議官からは、当機構の計画に対して様々な質問をいただくなど、当計画が推進する個別化予防に向けた複合バイオバンクの構築の今後について、活発な意見交換を行いました。

ジャポニカアレイ®のご説明を受けられる様子

クリニカルバイオバンク室にて疾患バイオバンクのご説明を受けられる様子

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広報戦略室 学術研究員 募集（8/9締切）

July 15, 2019, 9:43 pm
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職名：学術研究員

募集人員：1名

採用予定日：採用決定後できる限り早い時期

職務内容：
1. 事業に関連するウェブサイト等の企画・制作、保守運営
2. 各種イベントへの出展
3. 関係者へのヒアリングとそのまとめ
4. その他広報業務

応募条件：
広報業務の経験がある方を歓迎します。

提出期限：令和元年8月9日（水）必着

詳細は公募要項をご覧ください。
履歴書はこちらからダウンロードしてください。

問合せ先

東北大学 東北メディカル・メガバンク機構 総務係
電話：022-728-3964

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情報基盤室 技術補佐員 募集（8/16締切）

July 15, 2019, 10:02 pm
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募集人員：1名

採用予定日：2019年9月1日

職務内容： ネットワークサービス（グループウェア、メール、ウェブ、ネットワーク等）の運用支援、アカウントの管理、テレビ会議システムの運用管理、大学構成員向けサービスの利用支援および問い合わせ対応。

応募条件：(a)～(c)のうち、二つ以上の経験を有すること
(a) ネットワークサービスのシステム設定やアカウント登録などの運用支援
(b) ネットワークサービスのマニュアル作成
(c) メール・電話によるネットワークサービスに関する問い合わせ対応
※サーバ・ネットワーク機器・テレビ会議システムの操作の経験があれば尚可。

提出期限：2019年8月16日（金）

詳細は公募要項をご覧ください。 履歴書はこちらからダウンロードしてください。

問合せ先

東北大学 東北メディカル・メガバンク機構 情報基盤室 電話：022-717-8024

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地域住民コホート室 学術研究員または技術補佐員（ＳＥ・プログラマー）（時間雇用）募集（8/2締切）

July 15, 2019, 11:38 pm
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職名：学術研究員または技術補佐員（ＳＥ・プログラマー）

募集人員：１名（時間雇用）
　　　　　※フルタイム希望の場合は要相談 

採用予定日：令和元年9月1日(予定)

職務内容：
東北大学 東北メディカル・メガバンク機構地域住民コホート室では、被災地における地域住民コホート調査の中核となって働いて頂く学術研究員または技術補佐員を募集致します。
住民のための健康調査を円滑に実施することにご協力頂ける方の応募をお待ちしております。

応募資格:
1. SQLによるデータベース構築（オラクル）の経験を有する方（学術研究員）またはSQLの知識を有する方（技術補佐員）
2. Linuxの経験（基本的な操作で十分です）があれば尚可
3. SASの知識があれば尚可
4. ネットワーク・サーバ管理の基本的な知識があれば尚可
5. 協調性をもって業務に取り組める方

提出期限：2019年8月2日（金）必着

詳細は公募要項（学術研究員・技術補佐員）をご覧ください。
履歴書はこちらからダウンロードしてください。

問合せ先

東北大学 東北メディカル・メガバンク機構 総務係　
電話：022-728-3964

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酸化ストレスを感知する仕組みを解明－何重にも張り巡らされたストレス感知のための巧妙な仕組み－【プレスリリース】

July 16, 2019, 10:04 pm
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発表のポイント

• ストレスセンサーKeap1が酸化ストレス注1を感知するメカニズムを初めて明らかにしました。
• Keap1は複数のシステイン残基注2を使い分けることにより酸化ストレスを感知していることがわかりました。
• Keap1は不具合が生じた場合においても酸化ストレスを感知して生態を守ることができる巧妙な仕組みを備えていることを明らかにしました。

研究概要

東北大学大学院医学系研究科の鈴木隆史講師（医化学分野）、山本雅之教授（医化学分野、東北メディカル・メガバンク機構 機構長）らは、ストレスセンサーKeap1が酸化ストレスを感知する仕組みを解明しました。

酸化ストレスは老化、そしてがんなどの様々な病気を引き起こす原因となりますが、転写因子注3Nrf2は酸化ストレスに応答して活性化し細胞を保護します。つまりNrf2は酸化ストレスから体を守っています。Nrf2はストレスセンサーKeap1によって、活性を調節されています。しかし、Keap1が環境中の毒物（親電子性ストレス注4）を感知する仕組みはこれまでに知られていたものの、酸化ストレスがNrf2を活性化するメカニズムは長い間わかっていませんでした。

今回Keap1が親電子性ストレスとは異なるメカニズムで酸化ストレスを感知することがわかりました。また、Keap1は、仮に不具合が発生した場合においても酸化ストレスを感知して生体を守ることができる巧妙な仕組み（フェイルセーフ機構）を備えていることがわかりました。本研究成果により、Keap1は複数のシステイン残基を使い分けて様々な環境ストレス刺激を感知していることが明らかになりました。今後、これらの知見を活用してNrf2活性化剤の開発が発展することが期待されます。

この成果は米国時間2019年7月16日に米国科学雑誌「Cell Reports」のオンライン版で公開されました。

用語説明

注1.  酸化ストレス：過酸化水素など反応性の高い活性酸素種によってDNAやタンパク質が傷害されること。外来ストレスやミトコンドリアでの酸化的リン酸化など様々な要因によって細胞内で発生する。

注2.  システイン残基：タンパク質を構成するアミノ酸の一つで、側鎖に反応性の高いチオール基（SH基）を持っている。

注3.  転写因子：DNAに結合して遺伝子の発現を制御するタンパク質の総称。

注4.  親電子性ストレス：内部に電子が少ない部分を持った分子（親電子性物質）によってDNAやタンパク質などが傷害されること。環境中の毒物の代謝（解毒）過程で生成することが多い。

プレリリース詳細（PDF）

論文情報

Title:Molecular Mechanism of Cellular Oxidative Sensing by Keap1
Authors:Takafumi Suzuki, Aki Muramatsu, Ryota Saito, Tatsuro Iso, Takahiro Shibata, Keiko Kuwata, Shin-ichi Kawaguchi, Takao Iwawaki, Saki Adachi, Hiromi Suda, Masanobu Morita, Koji Uchida, Liam Baird, Masayuki Yamamoto
Cell Reports
DOI:10.1016/j.celrep.2019.06.047

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フォーラム２１勉強会の参加者10名様がToMMoを来訪されました

July 21, 2019, 11:37 pm
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2019年7月19日、日本の企業および官庁の方々で構成される異業種交流の場であるフォーラム２１による「フォーラム２１勉強会」の一環で、ご参加の10名の方々がToMMoを見学されました。

勉強会では、木下副機構長らからToMMoの概要説明が行われ、その後意見交換が行われました。またアレイ解析室やスーパーコンピュータ室などを視察いただきました。

バイオバンク室ご視察の様子

フォーラム21勉強会参加者の皆さまと記念撮影

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上山隆大先生が来訪されました

July 22, 2019, 5:00 pm
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2019年7月17日、上山 隆大先生（総合科学技術・イノベーション会議議員）がToMMoを来訪されました。山本 雅之機構長らから事業概要説明、質疑応答が行われた後、オミックス解析室やアレイ解析室などを見学されました。

ジャポニカアレイ®を確認される上山 隆大先生

バイオバンク室では、自動で入出庫作業を行う様子を見学されました

上山 隆大先生（右から6番目）を囲んで集合写真

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大規模コホート研究におけるGC-MS/MSによるヒト血漿メタボローム解析の論文が日本プロテオーム学会誌Proteome Lettersに掲載

July 22, 2019, 5:50 pm
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ゲノム解析部門の三枝大輔講師らが執筆した大規模コホート研究におけるGC-MS/MSによるヒト血漿メタボローム解析の論文が、日本プロテオーム学会誌Proteome Lettersに掲載されました。

この論文では、ガスクロマトグラフ三連四重極型質量分析計（GC-MS/MS）によるヒト血漿に含まれる169代謝物の同時検出手法の開発と、大規模コホート研究で得られた血漿1,028検体の解析へ応用した成果について発表しました。
生体内に含まれる代謝物の集団（メタボローム）は、血液中で幅広い濃度範囲に多数存在することが判っており、病気に直接関連する成分（バイオマーカー）が明らかにされつつあります。しかしながら、血液中の基準値が明確に示されていないことから、バイオマーカー候補分子の精密な評価が遅れていました。ToMMoのオミックス解析室では、インターネット上で広く公開しているデータベースである日本人多層オミックス参照パネル（jMorp）の開発をしており、大規模コホート研究で得られた検体のメタボローム解析から、各代謝物の基準値を明らかにしています。

著者らは初めに血液に含まれる169成分を高感度に一斉に分析できる、ワイドターゲットメタボローム解析手法（WT-Met）を開発しました。また、自動分注器と誘導体化ロボットを導入し、高精度かつハイスループットに多検体を前処理できる方法を開発し、大規模コホート研究に資するシステムを構築しました。さらに、開発したシステムをToMMoのバイオバンクに保管されている血漿1,028検体の解析に応用し、高精度なメタボローム基準値を得ることに成功しました。
本研究で検出されたヒト血漿に含まれる169代謝物の情報は、世界で初めて一般に入手可能なメタボローム基準値であり、jMorpで既に公開されています。また、早期の情報分譲を目指していることから、今後の疾患予防マーカーの開発や創薬研究への応用に大きく貢献することが期待されます。

書誌情報

タイトル：Metabolome Analysis of Human Plasma by GC-MS/MS in a Large-scale Cohort
著者名：Daisuke Saigusa, Naomi Matsukawa, Shu Tadaka, Ikuko N Motoike, Seizo Koshiba
掲載誌：Proteome Letters
Published: July 19, 2019
DOI: https://doi.org/10.14889/jpros.4.1_31

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涌谷町長を訪問しました

July 22, 2019, 6:23 pm
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2019年7月18日、ToMMoの山本 雅之機構長をはじめとする7名が、涌谷町役場を訪問しました。
今回の訪問では、今年5月に新任された遠藤 釈雄涌谷町長と町民医療福祉センター長、健康課の皆さまに、本事業の概要とこれまでの成果、今後の計画についてお話しました。涌谷町からは、町で取り組まれている健康推進員制度や高血圧等の町内の状況についての説明をいただき、その後、取り組むべき課題など意見交換が行われました。
遠藤町長からは、「ToMMoのデータはとても貴重であり、今後も協力していきたい」とお言葉をいただきました。

左から、山本 雅之機構長、遠藤 釈雄町長

涌谷町民医療福祉センターにて記念撮影

関連リンク

涌谷町健康調査結果報告会を開催しました
涌谷町で地域住民コホート調査を開始しました
涌谷町長を訪問しました。

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「いい日・いい汗栄養まつり」に出展します（8月4日）

July 22, 2019, 9:24 pm
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東北メディカル・メガバンク機構は、8月4日（日）ホテル法華倶楽部仙台にて開催される「第16回 いい日・いい汗栄養まつり」に昨年に引き続き出展し、塩分（ナトリウム）摂取と野菜などに含まれているカリウム摂取のバランスを測定します（人数に限りがあります）。
食事で塩分を取りすぎていないか、ナトカリ測定によってご確認いただけます。他にもさまざまなイベントがありますので、ぜひご来場ください。

詳細

日　時　8月4日（日） 午前10時 ～ 14時半（最終受付14時）
会　場　ホテル法華倶楽部仙台 ハーモニーホール
　　　（〒980-0014 宮城県仙台市青葉区本町２丁目１１-３０）
参加費　無料
主　催　公益社団法人 宮城県栄養士会

昨年のブースの様子

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公益社団法人 宮城県栄養士会

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ゲノム解析部門（オミックス解析室） 技術補佐員 募集（8/19締切）

July 22, 2019, 11:50 pm
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募集人員：1名

採用予定日：令和元年9月1日

職務内容：主にヒト検体の代謝物解析のための技術補助（試薬作製、試料分注、前処理、測定、データ管理等）

応募条件：
・理系大学卒業者、もしくは同等の能力を有する方で、生化学実験の補助業務の経験の有る方。
・基本的なPC操作（Word, Excel, 電子メール）を習得されている方。
・各種分析機器の使用経験のある方を歓迎します。
・B型肝炎ワクチンの予防接種を既に受けられている方は尚可。

提出期限：令和元年8月19日（月）必着

詳細は公募要項をご覧ください。
履歴書はこちらからダウンロードしてください。

 

問合せ先

東北大学 東北メディカル・メガバンク機構 小柴研究室
電話：022-274-6016

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個別化予防・疫学分野 教員 募集（8/22締切）

July 23, 2019, 12:06 am
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職種：助教

募集人員：若干名

採用予定日：2019年10月1日以降（採用日応相談）

応募基準
1. 博士の学位を有する方
2. 疫学研究の実施経験があり医学統計、データ分析に知識・技術を有する方
　主体的に調査を実施してデータを分析する十分な技術を有すること
3. 調査の実務に興味があるもの
　※医師免許を有する方が望ましい

提出期限：2019年8月22日（木）必着
※締切り前でも適任者が決まり次第、募集を締め切らせて頂きます

詳細は 公募要項をご覧ください。
履歴書は こちら からダウンロードしてください。

問合せ先

東北大学 東北メディカル・メガバンク機構 総務係
電話 : 022-728-3964

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仙台市立加茂中学校科学部の皆さまが来訪されました

July 25, 2019, 4:32 pm
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2019年7月22日、仙台市立加茂中学校科学部の皆さまが、昨年に引き続き、校外活動の一環で東北メディカル・メガバンク機構を来訪されました。

長神 風二広報戦略室長によるゲノムやＤＮＡ、ToMMoの施設についての講義の後、スーパーコンピュータやバイオバンク設備、次世代シークエンサー、地域支援仙台センターをご案内しました。二年生以上は昨年に引き続き2回目の見学になりましたが、真剣に施設の説明を聞いていただきました。初めての見学となった一年生の3名も、難しい部分もあったようですが、研究施設に興味を持った様子で見学いただきました。

スーパーコンピュータ室では、齊藤助手から、スーパーコンピュータはプレイステーションでいうとどれくらいのデータの量になるかなど例に挙げわかりやすく話されました。科学部の皆さまは、この見学を通して学んだことをまとめられ、文化祭で展示する予定とのことです。

スーパーコンピュータ室ご見学の様子

シークエンス解析について説明する勝岡准教授

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仙台市立加茂中学校

仙台市立加茂中学校科学部の皆さまが来訪されました(2018年9月3日)

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ゲノムプラットフォーム連携センター 技術補佐員 募集（8/23締切）

July 26, 2019, 1:25 am
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募集人員：1名

採用予定日：採用決定後できるだけ早い時期

職務内容：データ解析環境の整備、データ整理集計、報告書作成の補助等

応募条件：
・Linuxの使用経験があること
・Python, JavaScript, webアプリ作成のいずれかの使用経験があることが望ましい

提出期限：令和元年8月23日（金）
　ただし、適任者が見つかり次第締め切る場合があります。

詳細は公募要項をご覧ください。
履歴書はこちらからダウンロードしてください。

 

問合せ先

東北大学 東北メディカル・メガバンク機構 ゲノムプラットフォーム連携センター
電話：022-274-6040

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地域支援仙台センター 技術補佐員 募集（8/15締切）

July 26, 2019, 1:42 am
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募集人員：1～2名

採用予定日：令和元年9月1日

職務内容：
1. 研究参加者への研究・調査内容の説明業務
2. 健康調査実施のための事前準備と事後処理と実施補助業務
3. 研究参加者への電話対応業務

応募資格:
1. Excel、Word、メールを用いたPC（パソコン）業務を行えること
2. 専門学校または短大卒以上
3. 協調性をもって積極的に職務に取り組める方

提出期限：令和元年8月15日（木）必着

詳細は公募要項をご覧ください。
履歴書はこちらからダウンロードしてください。

問合せ先

東北大学 東北メディカル・メガバンク機構
　待遇面：　総務係　　　　　　　　　電話　022-728-3964
　職務内容：地域支援仙台センター　　電話　022-274-6071

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武田計測先端知財団による日本・アジア青少年サイエンス交流事業の一環で中央アジアの学生の皆さまがToMMoを来訪

July 28, 2019, 5:00 pm
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7月25日（木）、武田計測先端知財団による日本・アジア青少年サイエンス交流事業（さくらサイエンスプラン）の一環で、中央アジア（ウズベキスタン・カザフスタン・キルギス・タジキスタン）より学生ら10名の皆さまがToMMoを来訪しました。

一行は長神特任教授から当機構の概要説明を受けたのち、アレイ解析室、スーパーコンピュータ室、バイオバンク室、シークエンス解析室、地域支援仙台センターを視察しました。その後、リスク統計解析室の田宮教授研究室にてビッグデータ解析についてのアルゴリズムの講義とデモ操作を見学しました。熱心な学生の方々が多く、積極的に質問をされていたり説明を真剣に聞いている姿が印象的でした。


バイオバンク室を見学する一行（左）、田宮研究室での講義の様子（右）

 

関連リンク

日本・アジア青少年サイエンス交流事業（さくらサイエンスプラン）

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