ToMMoは2022年9月29日、日本人多層オミックス参照パネル(jMorp: Japanese Multi Omics Reference Panel)に搭載するデータを拡張しました。また、ユーザインターフェースを大きく変更しました。詳細は以下をご覧ください。
搭載データの拡張
ゲノム
2022年6月30日に約38,000人の短鎖シークエンス全ゲノム解析によって得られた常染色体上のSNV/INDEL アレル頻度パネル 38KJPN を公開しました。今回、X染色体・ミトコンドリアについてもデータ解析が完了したため公開いたします。
38KJPNにて公開されるSNV/INDEL数、およびこれまでにToMMoが公開してきたアレル頻度パネルに収録されていたSNV/INDEL数は以下の通りです。
| chrX (XTR考慮版) | chrM | ||
| SNV数 | INDEL数 | SNV数 | |
| 8.3KJPN | 3,031,683 | 415,785 | 3,357 |
| 14KJPN | 4,074,917 | 526,406 | 3,832 |
| 38KJPN | 7,173,475 | 875,107 | 4,962 |
メタボローム
NMRによる測定の45種の代謝物について、妊婦女性以外のデータが約7,000人増えて約40,000人に、妊娠中および産後1か月の女性のデータが約1,000検体増えて約14,000検体に、ベースライン調査（第1段階）期間、第2段階調査期間の2回セットのデータが約1,500人増えて約4,500人になりました。
また、MSによる測定の約500種の代謝物について、妊婦女性以外のデータが約2,000人増えて約9,000人になりました。
また、個別の代謝物のページでは、化合物の構造もあわせて表示できるようになりました。
メタゲノム
20代から80代までの幅広い年齢層の唾液・歯垢の細菌層データセットで、細菌がもつ16SrRNＡ領域のアンプリコン解析によって10000リード以上得られた検体のみを解析に使用しています。肺機能検査情報および喫煙歴情報を含んでいます。
カテゴリと数字
1,388名の唾液・歯垢16s解析データセット。下記５種のカテゴリに分類し、それぞれ別々に示します。
１．性別（Male、Female）
２．年齢10歳階級（20s、30s、40s、50s、60s、over_70）
３．喫煙歴（Never、Former、Current）
４．歯周炎重症度（Healthy、Mild、Moderate、Severe）
５．肺機能検査［一秒率］スコア（0.7<、=<0.7）
ユーザインターフェースの変更
jMorpは2015年にメタボローム・プロテオーム解析データの公開プラットフォームとしてスタートしました。2022年現在までにオミックス解析データ以外にも参照ゲノム配列データ、ゲノムバリアント頻度データ、トランスクリプトームデータ、メタゲノムデータ、PGx関連データ、GWAS要約統計量データ等、種々のデータをjMorpへ追加し公開してきました。この度、ウェブサイトの利便性向上を目的として、ユーザインターフェースの変更を行いました。
変更のポイントは以下の通りです。
データ間の関連性が捉えやすくなるようにUIを再設計しました
jMorp はセントラルドグマの端から端までをカバーするデータベースですが、階層間のデータのリンクが薄いことが弱点の１つでした。
そのため今回の更新では、例えば、ゲノムバリアント (SNV/INDEL) ページには、そのバリアントが有意なものとして検出されたGWAS解析結果を表示することで、オミックスデータ等の異なる階層へジャンプできるようにしました。
各階層を俯瞰的に見るためのページを追加
異なる階層へジャンプするために、例えば、遺伝子ごとのページを追加し、遺伝子上のゲノムバリアント、メチル化データ、発現データ等、レイヤーの異なるデータを一度に見られるようになりました。
jMorp: Japanese Multi Omics Reference Panel
